同济大学于2012年初启动学校的章程建设，2014年4月，《同济大学章程》获得教育部核准。学校紧密结合建设现代大学制度、落实依法治校和深化综合改革，大力推进章程的执行与实施，完善法人治理结构，健全内部管理体制，努力实现学校的治理体系与治理能力现代化。
紧密结合现代大学制度建设。学校以章程为核心，特别强调章程的可操作性和可实施性，通过章程建设，努力建设和完善自身特色的现代大学制度，形成了一套相对完整的制度体系。一是完善了学校领导体制与决策体系，建立和完善了学校党委和行政层面重要的议事规则，明确了科学民主的决策制度与程序，同时制定完善了《学术委员会章程》并组建了新一届委员会；二是健全了各项民主参与和民主管理制度，包括《校务委员会章程》、《董事会章程》、《教职工代表大会实施办法》等，组建了新一届校务委员会，调整了学生申诉处理委员会并建立教职工人事争议调解委员会等；三是梳理和完善了学校内部的机构设置，坚持废、改、立并举，对有关二级机构进行了调整；四是梳理和完善了与学校制度相衔接的各项部门与院系的规章制度。
紧密结合依法治校工作推进。学校深入宣传章程，认真学习章程，严格执行章程，以章程作为依法自主办学、实施管理和履行公共职能的基本准则和依据，切实推进依法治校。一是总结前期章程建设工作成果，编辑出版了《探索中国大学治理之道——同济大学章程建设的思考与实践》一书，收录了学校章程建设的理念、研究、实践和成果等相关内容的文章和文件近50篇，学校将该书作为重要的学习材料，发放中层干部以上领导进行学习和参考；二是积极宣传和解读章程，发布章程的释义版、英文版和主要配套制度，深入组织开展章程宣传、解读与宣讲工作，对新生、新进教职员工、新任干部开展章程的专题培训；三是严格执行章程，与实际工作相结合，坚持用章程来指导、规范和改进各项工作，确保各项工作依照章程进行处理，努力谋划学校各项工作的科学发展。
紧密结合学校深化综合改革。学校在制定深化综合改革方案中，将章程放在突出位置，第一条就提出了“实施《同济大学章程》并完善学校治理与管理体系”的改革要点。一是要坚持和完善党委领导下的校长负责制，处理好各项权力运行关系，保障民主参与和民主监督，构建决策、执行、监督相互协调、相互制约的法人治理结构；二是要以办学资源科学配置能力提升为核心，构建管、办、评适度分离的内部治理体系和机制；三是要进一步明晰学术与行政的关系，建立健全学术自由和学术诚信的保障和监督机制；四是要完善与《同济大学章程》相配套的制度体系，依法保障师生员工的权益，建设保障学校改革与发展的良好法治环境。此外，学校还依据章程，提出了落实办学自主权、推动实现多元外部力量参与办学的治理机制、分类推进校院两级管理、全面推行学部制等改革举措。